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首页 > 拜谱生物 > 干货分享 > 手机网络药剂学学阐释草酸钙肾结石被氧化应激性和细菌感染影响长效机制

网络药理学揭示草酸钙肾结石氧化应激和炎症损伤机制

发布时间:2024-08-02
草酸钙(CaOx)肾结石是泌尿系統最先见的症状最为。肾机构中CaOx晶胞过呈现饱和状态堆积会以至于肾小管内部板材损害和凋亡,因而以至于肾结石的生成。短链多余油脂酸由肠内内好氧菌大肠杆菌厌氧发酵营养健康纤维素存在,这不仅在线条肠内防御系统化中推动意义,同时还在系統水平方向上也推动重要性意义。表中,丁酸是最丰富性的短链多余油脂酸,兼有消除炎症和免疫抗体减弱意义,本深入分析论述丁酸对CaOx肾结石的意义极其潜在性的靶点。

围绕草酸钙肾结石相关机制研究,华山青岛院士整形医院医院泌尿整形外科吴忠专家、周子健院士于今年5月在Chem Biol Interact发表了相关成果,7月4日该团队又有一篇新作发表。吴忠讲师、周子健医生在Food and Chemical Toxicology(IF=4.3)上发表题为“Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9”的研究文章。研究人员发现丁酸在体外和体内均能抑制CaOx肾结石模型的氧化应激和炎症损伤,并利用网络药理学预测发现CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的靶基因,最后通过细胞实验证实CYP2C9在草酸诱导的HK-2细胞损伤模型中的作用。拜谱生物工程与吴忠教授、周子健博士团队再次合作,提供了无线网络药剂学学服务培训,助力预测CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的潜在靶点,为丁酸预防CaOx肾结石产生的临床应用奠定理论基础。

句子命名:Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9(Food Chem Toxicol.,IF=4.3,2023.07) 用户部门:华山宠物医院 实验對象:大鼠、HK-2神经细胞 好友分组短信:剖析组(Con)、整治组(Model)和丁酸钠组(NaB) 拜谱提拱技术工艺:网络信息药理学学检查测量

指导思想步骤操作流程

的研究结局

探讨技术人员应当搭配大鼠模特,依据生理特点生物化学指标图和聚集病检学固色等探讨机制发现丁酸能否可以减少CaOx模特大鼠肾CaOx氯化钠晶体的进行和磨损,促进CaOx模特大鼠的支原体感染磨损和防被氧化有害物质的过早表明。因此,丁酸还可遏制草酸诱导型的HK-2細胞磨损、防被氧化应激状态和細胞凋亡。 为探究性学习丁酸设计和靶DNA电脑网洛数据,探究成员从PubChem抓取丁酸和丁酸酯的二维和三维图设计(图1A)。用PharmMapper大数据显示表格库和Uniprot大数据显示表格库补救后共筛分出1115个丁酸靶DNA供进的一步探讨。将DNA大数据库文件接入STRING大数据显示表格库,做出PPI电脑网洛数据探讨。Cytoscape给于了编排的前20的核心区靶DNA的仔细电脑网洛数据图,有CYP2C9、CASP3、MAPK14、ALB、HRAS、ABL、RARA、RARG、RXRB、PRKACA、NOS3、SRC、MMP9、KDR、HSP90AA1、HPGDS、GSTA3、GSTA1、GSR和GSTM2(图1B)。等核心区DNA与电脑网洛数据中的任何DNA均情况出相应的涉及到的性,解释等DNA将会树立着分工协作影响。GO和KEGG探讨证明了丁酸核心区DNA的涉及到的方式和海洋物理学技能(图1C)。核心区DNA具体与类固醇抗生素回复、腐蚀应激性性回复、吸附性酶类氧生殖细胞对类固醇抗生素激励的反馈及其对呈酸性电化学物料的反馈有关。上述讲到综上,等核心区DNA具体操作了腐蚀应激性性和对吸附性酶类氧的海洋菌物反馈过程中,是肾结石建成制度化中至关比较极为重要的方式,这证明丁酸将会在肾结石中树立比较极为重要影响。

图1| 丁酸的结构与靶人类基因网洛剖析(图源:Zijian Zhou., et al., Food Chem Toxicol.

为进的一步挑战丁酸对CaOx肾结石.切靶什么是dna,科学学习方案人做GEO信息库对GSE73680中健康生活比对与CaOx肾结石病号的什么是dna地域差异做了科学学习方案。比对组与CaOx结石病号的偏态性地域差异表答出来什么是dna(DEGs)需求基准为P < 0.05、|log2(FC)| > 1。共需求到3783个什么是dna突发偏态波动,各举3379个(89.4%)什么是dna表答出来上涨,404个(10.6%)什么是dna表答出来降低(图2A)。对DEGs做聚类分析法阐述阐述,热图屏幕上显示了前10个被选中DEGs的二维分类聚类分析法阐述特色(图2B)。很快,科学学习方案人经过GeneCards信息库人工服务鉴定费了370个将与CaOx肾结石各种有关的什么是dna,的排名前20位的分析预测什么是dna名词解释各种有关性得分就像文中2C图甲中。为了能够查找丁酸缓解CaOx肾结石的主要靶点,科学学习方案人将PharmMapper中的丁酸靶点、GEO中的DEGs和GeneCards中的CaOx肾结石各种有关什么是dna加工处理得以没事个Venn图。最中,CYP2C9被判别为丁酸影晌CaOx肾结石的未知靶点(图2D)。不仅而且,科学学习方案人还做了丁酸与CYP2C9的团伙合作,CYP2C9的多个碳水化合物残基ASN-474、LYS-48和GLY-46与丁酸相互间反应,氢键能为4.2 kcal/mol(图2E)。 在采取网上药学学预计CYP2C9是丁酸损害CaOx肾结石的靶染色体后,调查考生还确认人体细胞核工作查证了CYP2C9可减小草酸介导的HK-2人体细胞核的ROS情况、支原体感染磨损和凋亡。

图2| 大多据库共同剖析分析CYP2C9是丁酸的功效于CaOx肾结石的靶人类基因

研究方案的结果

本深入分析先是挖掘丁酸在人体内和人体内均能遏制CaOx肾结石类别的防钝化应激状态性和发炎损坏,随后不久顺利使用无线电脑网络药学学淘汰获取丁酸后果CaOx肾结石的不确定性靶点——CYP2C9,第三顺利使用体神经元实验室验证CYP2C9在草酸盐诱惑的HK-2体神经元ROS平行、发炎损坏和凋亡。以下挖掘表述丁酸也许顺利使用遏制CYP2C9来遏制CaOx肾结石的防钝化应激状态性,减小发炎损坏。这种操作过程中拜谱生态学技能提供数据了无线电脑网络药学学技能贴心的服务,还有就是拜谱生态学技能可增长稳重加强制度建设的基因遗传组学、淀粉酶质组学、新陈代谢组学等两组学品牌及技能贴心的服务,欢迎图片拨打在线咨询! 参考价值专著:Zhou Z, Zhou X, Zhang Y, Yang Y, Wang L, Wu Z. Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9. Food Chem Toxicol. 2023 Aug. doi: 10.1016/j.fct.2023.113925.
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