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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已显视出广泛的的生物体活力，收录抗癌肿和抵抗毒影响。大部分，三萜是借助甲羟戊酸行业合出的，并从天然的树种和白色念珠菌中分离出。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上刊登了发表文章“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的探析分析论文范文。该探析分析发掘三萜类类化合物灵芝粉粉酸（GA）是利用液状体培養的无柄灵芝粉粉菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的怪物流量转化有的。用转录组和淀粉酶质组学能力进一部不断探索无柄灵芝粉粉菌丝体中DHT有多种灵芝粉粉酸（GA）的机制化，并选择两组学能力监测到的距离染色体和距离淀粉酶，推算DHT 怪物合成图片 GA 的经由。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录成分析和性能各类

按照对无柄野生灵芝细菌菌丝体来转录组测序共收获67230个转录本和1429八个单表观遗传。在这么多单表观遗传中，49俩个被监定为相互影响表现表观遗传（DEGs），至少213个表现上浮，279个表现下降（图1A）。GO微生物含有了解后，DEGs包括微生物阶段（BP）、体細胞基本成分（CC）和分子式性能（MF）3类。在BP类中，突然出现了前三子类：抗菌素细化新陈产生阶段，醋酸钠盐新陈产生阶段和甲酸盐新陈产生阶段;而在CC类中，体細胞外区、突触复合型体、突触结构特征是前三亚类。来说MF类，甲酸脱氢酶（NAD）吸附性酶类、阳极氧化展现酶吸附性酶类和酸氨（或酰胺）连接方式酶吸附性酶类是前三亚类（图1B）。在DEGs的KEGG通道了解中，前30条微生物含有度至高的通道中含27条归属新陈产生，至少二氧化氮新陈产生、乙醛酸盐和二羧酸盐新陈产生、丙酸盐新陈产生卫星信号通道特殊微生物含有（图1D）。

图1|转录混合物析和的功能类别

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

借助对无柄野生灵芝真菌孢子菌丝体开始血清酶酶质组学研究剖析一下，共要断定了16,457种特色肽、2606种血清酶酶质和2588种化学发光法血清酶酶质。在阀值|FC|>1.2和p<0.05的挑选前提下，在2606种血清酶酶质中，94种被鉴定费为区别体现出血清酶酶（DEPs），在这其中的52种调涨，42种下跌（图2A），图2C体现了区别体现出血清酶酶的聚类研究剖析法研究剖析一下热图。从GO研究剖析一下来讲，BP类体现，基本数DEPs参与活动冰醋酸盐拆解排泄具体步骤、抗生素类拆解拆解排泄具体步骤和口服药物拆解拆解排泄具体步骤。CC类DEPs在内部外区、过腐蚀物酶体和微体中平均水平高达的人，腐蚀复原酶几丁质酶和甲酸脱氢酶（NAD）几丁质酶在MF类中DEPs的比例怎么算高达的人（图2B）。与转录组后果相似性，KEGG环路研究剖析一下体现，不少DEPs在拆解排泄中丰度，在这其中的3条最丰度的路径是光合生物工程工程中的碳实行固定、碳拆解排泄和MAPK卫星信号环路（图2D）。再者，借助研究剖析一下GO数据资料库的CC对DEPs开始亚内部品牌定位研究剖析一下和引用（图2E），DEPs常见区域划分在内部质（40.66%）、内部膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），说法上是GAs生物工程工程合并的常见地理位置。

图2|核蛋白组的一定量具体分析和功能表手机验证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

维持生计物转化率和对应组备选DEGs和DEPs加工了维恩图，有20个一定的差异抒发什么是表观遗传（图3A）。对转录组和球核苷酸组中E组和C组一共有的DEGs/DEPs来进行聚类剖析剖析，出现 mRNA和球核苷酸间有12个上涨什么是表观遗传和2个调整什么是表观遗传，DEGs和其译文资料的DEPs抒发水平方向呈正关联，通过Pearson的关联标准值剖析，在转录组和球核苷酸组间检验到比较高的关联性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）论文检测结局界面显示，E组和C组1个DEGs的表答出能力异同不错，但其中9个为上浮DEGs，多个为降低DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的表答出前景与转录酚类化合物析结局同样。

图3|淀粉酶质组的酶联免疫法定性分析和效果认可

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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